在使用短程分子蒸餾裝置時采用其高真空以及低蒸餾溫度，設備可以短停留時間，整個設備蒸發效率高，可以連續蒸餾；于高分子量高沸點以及熱敏性以及易氧化的物料進行分離。它可以去除其液體中的低分子物質，比如其臭味以及溶劑，設備有選擇的蒸出目的產物，去除其他雜質。能夠實現傳統分離方法沒有辦法進行實現的物理過程，因此在這些高價植物料的分離上被用作脫臭、脫色及提純的手段。